护国禅寺原有建筑占地达48亩之多,有殿堂三进:前为玉皇殿五间,两侧配殿各两间;中进为正殿七间,侧各三间禅房,中为天井,两侧各有厢房五间,对厅五间,是朝山时香客宿息处;后进为观音殿,两侧耳房分别为厨房和库房。整个寺庙群均为木结构,建筑精美,画栋雕梁,具有典型的南方民族建筑风格。寺内佛像伟岸庄严,雕塑精细,造型逼真,流金溢彩。这为梵净山佛教文化的研究提供了可资可证的坚实材料。
护国寺历代都有高僧住锡。仅万历后至清末有名有姓的僧侣数以百计。其中高僧大德有妙玄、彻空圆通、德悉明慧、宝山真贵、明然如泰、见空性晓、海阔慧惺、普观、普汪、寂受、照琛、照齐、性印、信才、隆参、懋生等。特别是妙玄、明然、海阔、隆参、信才等高僧对梵净山佛教文化的振兴,庙宇的修建,道路的修筑,功德无量。他们的德行修业、举止风范为后人所敬仰。
护国禅寺由于地处特殊的地理位置,迭经战乱匪患,几度毁建。有资料可稽的就有五、六次。清光绪七年,清政府移松桃协练军都司衙门于该寺旁,称“护国营署”,总揽八汛军务,保护庙宇和朝山香客。
1934年12月,中国工农红军黔东独立师师部亦设于此。“文革”期间,仅有的残庙也基本荡尽,唯存遗址。1998年夏,时年已近九旬的辽宁僧人释佛友率弟子释法皈慕名来此,有感于名山胜迹变为残垣断壁,故发宏愿,挑起修复护国禅寺之重担,得到地方政府、诸山长老、十方善信的大力支持,于当年9月1日举行了隆重的奠基典礼,历经六载艰辛,如今已建成整个建筑群占地一万四千余平方米。有山门、左右耳房各4间,左为法物流通处,右为素餐馆、天王殿、放生池、两房平台。占地1271平方米的大雄宝殿,东西厢房各36开间,依山就势,呈梯形结构,气势恢弘,金碧辉煌,成为一大胜景。堪称“大山、大寺、大和尚"。护国禅寺现已成为黔东北佛教文化活动的中心。